公元363年，一场地震重击了佩特拉城，震后，许多建筑沦为废墟；公元551年，佩特拉城再次遭受严重地震，也许那次地震震塌了拜占庭教堂；随后教堂又受到震后蔓延全城的大火袭击，记载城市历史的羊皮纸卷也就在火灾中被毁坏了。同时火灾还毁灭了佩特拉四周山地上的大部分森林。灾难过去之后，佩特拉的人们为了建房和获取燃料砍伐了大量的木材，加上过分地放牧羊群，使森林和草地慢慢消失了，整个地区逐渐沦为沙漠。从此，这座城市开始走向了衰落和隐没。
