自动离职工资应当结清。自动离职属于违法解除合同，根据《劳动合同法》第九十条规定，应当赔偿用人单位损失。但赔偿用人单位损失与结清工资是不同的法律关系，工资是劳动报酬，用人单位应当按出勤结清工资。结清工资与赔偿损失分别计算，合并结算。
