朱立军长期从事喀斯特环境地质地球化学研究,在碳酸盐岩风化成土地球化学过程与环境效应、岩溶地下水系统演化及生态环境效应方面,从1994年起连续获得国家科学自然基金面上项目和重点项目资助,并承担了科技部重大基础研究前期项目、教育部骨干教师基金项目、交通部西部重点科技攻关项目和贵州省科技攻关等相关项目研究,取得了以“碳酸盐岩风化成土作用及其环境效应”为代表的一系列研究成果。发表相关学术论文50余篇(其中SCI、EI收录论文30余篇),出版学术专著4部,1998年和2004年分别获贵州省科技进步二等奖 。