A、自然选择过程中，直接受选择的是表现型而不是基因型，A错误；B、生殖隔离的形成是新物种形成的标志，B正确；C、地理隔离能使种群基因库产生差别，产生进化，但不一定导致生殖隔离，C错误；D、生殖隔离的形成不一定经过地理隔离，如多倍体的形成，D错误．故选：B．
