鄱阳湖聚集了许多世界珍稀濒危物种,并保存了一定数目,是保存生物多样性的重要地方。保护区最为人们熟悉也是最重要的组成部分就是鸟类,其它动物名录很不完全,甚至根本没有。
鄱阳湖是白鹤等珍稀水禽及森林鸟类的重要栖息地和越冬地。白鹤是中国I级保护动物,野外总数大约为3000只。其中90%在鄱阳湖越冬。白枕鹤为中国II级保护动物,野外大约有5000只左右,其中60%在鄱阳湖越冬。珍贵、濒危鸟类还有白鹳、黑鹳、白鹤、大鸨等国家I级保护动物;斑嘴鹈鹕、白琵鹭、小天鹅、白额雁、黑冠鹃隼、鸢、黑翅鸢、乌雕、凤头鹰、苍鹰、雀鹰、白尾鹞、草原鹞、白头鹞、游隼、红脚隼、燕隼、灰背隼、灰鹤、白枕鹤、花田鸡、小杓鹬、小鸦鹃、蓝翅八色鸫等国家II级保护动物。
甲壳类动物尚未进行研究,但保护区内有三种虾类可供食用,具有重要的经济价值。此外,还有几种淡水蟹没有经过鉴定,共经济价值大概不大。 一级保护动物 白鹳Ciconia ciconia 黑鹳Ciconia nigra 中华秋沙鸭Mergus squamatus 金雕Aquila chrysaetos 白肩雕Aquila heliaca 白尾海雕Haliaeetus albicilla 白头鹤Grus monacha 白鹤Grus leucogeranus 大鸨Otis tarda 扬子鳄Alligator sinensis 中华鲟Acipenser sinensis 白鲟Psephurus gladius 二级保护动物 穿山甲Manis pentadactyla 河麂Hydropotes inermis 卷羽鹈鹕Pelecanus crispus 白鹮Threskiornis aethiopicus 白琵鹭Platalea leucorodia 黑脸琵鹭Platalea minor 白额雁Anser albifrons 大天鹅Cygnus cygnus 小天鹅Cygnus columbianus 鸳鸯Aix galericulata 鸢Milvus korschun 雀鹰Accipiter nisus 大鵟Buteo hemilasius 普通鵟Buteo buteo 乌雕Aquila clanga 白尾鹞Circus cyaneus 鹊鹞Circus melanoleucos 白头鹞Circus aeruginosus 鹗Pandion haliaetus 游隼Falco peregrinus 燕隼Falco subbuteo 灰背隼Falco columbarius 红隼Falco tinnunculus 灰鹤Grus grus 白枕鹤Grus vipio 沙丘鹤Grus canadensis 花田鸡Coturnicops noveboracensis 小杓鹬Numenius borealis 小鸦鹃Centropus toulou 草鸮Tyto capensis 斑头鸺鹠Glaucidium cuculoides 红角鸮Otus scops 鹰鸮Ninox scutulata 短耳鸮Asio flammeus 蓝翅八色鸫Pitta brachyura