A、质子数相同的原子一定是同种元素，有些分子和原子的质子数也相同，故此选项错误．B、由同种分子构成的物质一定是纯净物，故此选项正确．C、混合物由两种或两种以上的物质组成，是故此选项错误．D、纯净物包括单质和化合物，化合物含有多种元素，故此选项错误．故选B．
