A、种群是生物进化的基本单位，A错误；B、黑色桦尺蠖与灰色桦尺蠖为同一物种，不是共同进化，B错误；C、基因突变是自发的，与环境无关，C正确；D、人工饲养的斑马与驴交配产下的“斑驴兽”不可育，说明斑马和驴存在生殖隔离，是两个物种，D错误．故选：C．
