A、精原细胞经过减数第一次分裂间期后初级精母细胞，该过程不会发生等位基因的分离，A错误；B、初级精母细胞经过减数第一次分裂后形成次级精母细胞，其中减数第一次分裂后期，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，B正确；C、次级精母细胞经过减数第一次分裂后形成精细胞，正常情况下，该过程不会发生等位基因的分离，C错误；D、精细胞经过变形形成精子，该过程不会发生等位基因的分离，D错误．故选：B．
