哇啊啊啊你这问题好复杂啊，我大体说说我的看法，不一定全对，这么复杂的问题还是约个律师细谈比较好。
是刑事还是民事这个问题不重要，可以两者都是，重要的是你俩的观点谁的容易得到法院支持。首先我觉得公司的观点难以得到支持，原因之一是这部分钱现在又判回给他了，他从结果上来说没有损失，原因之二是，我建议你把你干私活并留下二十万承兑汇票的行为说明为留置权。所谓留置权，就是当债务人不履行债务的时候，债权人扣押下债务人的财产以抵账的情况。作为行使留置权的结果，你的行为并没有不妥。
顺便，虽然二十万被法院判给了公司，但这也是个好机会，因为公司刚胜诉，不能说自己无钱可赔了，正好反诉他要求偿还债务。尼玛这老板还挺狠，敢直接诉刑事案子啊。百度知道上的我们也没法帮你太多，赶紧找个律师积极应诉吧！
职务侵占是刑事案件，你是利用你老板的厂子做的私活吗？
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