A、绵羊和山羊之间不能进行基因交流是因为存在生殖隔离,A错误;B、生物进化的原材料来源于基因突变、基因重组和染色体变异,B错误;C、马和驴交配产生的骡子高度不育,不能称为新物种,C错误;D、某种群中AA%=32%,aa%=20%,则Aa=48%,A=32%+ 1 2 ×48%=56%;若干年后该种群AA%=36%,aa%=22%,则Aa=42%,A=36%+ 1 2 ×42%=57%.基因频率发生改变,说明该种群发生了进化,D正确.故选:D.