当然有麻烦，1、不能税前扣除。2、违反《发票管理办法》未按照规定取得发票。第六十条 违反国家发票管理规定，导致其他单位或者个人未缴、少缴或者骗取税款的，由税务机关没收违法所得，可以并处未缴、少缴或者骗取的税款1倍以下的罚款。
内部证明单不能代替发票，税务是不会认可的。
