番石榴干腐病主要为害枝梢。枝梢受害，多自主枝和侧枝的交叉处，病部渐次干枯，稍凹陷，病健部交界处开裂，干枯发暗的病部翘起，剥离，流出胶液。后期，病部长出许多小黑粒，即子囊座和分生孢子器。果实受害，病斑初期为淡褐色，后变暗褐色至黑色，果皮皱（但幼果果皮不皱），最后整个果实黑腐。
