A、根据题意和图示分析可知：1号和2号染色体中相邻的非姐妹染色单体之间发生了交叉互换，A正确；
B、由于B与b之间没有发生交换，所以它们的分离仅发生在减数第一次分裂过程中，同源染色体分离之时，B正确；
C、由于A与a之间发生了交换，所以同源染色体之间的A与a的分离发生在减数第一次分裂后期外，一条染色体上的A与a的分离发生在减数第二次分裂后期，C错误；
D、B与B是复制关系，位于一条染色体上，它们的分离仅发生在减数第二次分裂后期，D正确，
故选C．
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