A、常染色体和性染色体上基因的遗传都遵循基因的分离定律，所以杂交后代出现性状分离，且分离比为3：1时，不一定为常染色体遗传，A错误；B、大肠杆菌是原核生物，没有染色体，B错误；C、染色体中构成DNA的脱氧核苷酸的数量、种类和序列，三者中有一个发生改变，就会引起基因突变，C错误；D、不携带遗传病基因的个体也会患遗传病，如染色体异常遗传病，D正确．故选：D．
