沙眼衣原体感染在发达国家和发展中国家均极为常见。在很多国家,淋病的发病数逐渐下降,而沙眼衣原体感染的发病数逐年上升。世界卫生组织估计,全球每年新发的沙眼衣原体感染约9200万例。在我国生殖道沙眼衣原体也是常见的性病之一。在成人,生殖道衣原体感染的传播途径通常是经过性传播。通过手-眼接触,可将生殖道分泌物接种至眼部,可导致包涵体结膜炎。孕妇感染还可以发生围产期传播,感染新生儿。