（1）图1中，甲为叶绿体，乙为线粒体，叶绿体是通过大量的基粒（或类囊体）来增加膜面积，线粒体是通过内膜向内凹陷成嵴来增加膜面积．
（2）分析题图1可知，“⑥→⑤→⑥”是暗反应阶段，该绿色植物长时间处于黑暗状态中不能产生还原氢和ATP，暗反应也不能进行．
（3）①分析题图2可知，A点光照强度是0，不能进行光合作用，产生ATP的细胞器是线粒体（图1中的乙），二氧化碳的释放量可以表示净光合作用，所以图2中，光照强度处于图2中B-D间，光合作用有机物的净积累量为S2．
②分析图2的曲线可知，D点光合作用大于呼吸作用，图1中物质⑦氧气，释放到细胞外，D点以后限制光合作用强度继续上升的环境因素是二氧化碳浓度．
故答案为：
（1）基粒（或类囊体） 线粒体内膜 嵴
（2）不能 缺少光反应提供的[H]和ATP
（3）①线粒体 S2
②细胞外（或大气中） CO2浓度
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