A．图中的岩浆上升冷却形成②岩浆岩，在岩浆上升的过程中，将③岩层的岩石高温变质形成了变质岩④，所以④的形成晚于②．②岩浆岩覆盖了沉积岩，所以③比②早．所以③比④形成早，故不符合题意；
B．由于②覆盖了①沉积岩，所以①早于②，故不符合题意；
C．图中的岩浆上升冷却形成②岩浆岩，在岩浆上升的过程中，将③岩层的岩石高温变质形成了变质岩④，所以④的形成晚于②，故不符合题意；
D．同理推断⑤覆盖了③，所以⑤晚于③，故正确．
故选：D．
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