A、在果蝇杂交实验中，摩尔根运用假说-演绎法证明基因在染色体上，A正确；
B、35S标记的是噬菌体的蛋白质外壳，用35S标记的噬菌体侵染细菌，证明蛋白质外壳没有进入细菌体内，不能证明蛋白质不是遗传物质，B错误；
C、单子叶草本植物常常是丛生和蔓生的，叶脉一般呈条形或披针形，从地上部分难以辨别是一株还是多株，因此不宜用样方法调查其种群密度，C错误；
D、使用血细胞计数板时，先放置盖玻片，然后使培养液从边缘处自行渗入计数室，D正确．
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